抗日战争时期，原驻祭在鄂尔多斯高原伊金霍洛旗的成吉思汗灵柩经历了一次西迁的过程。

　　“七·七”事变后，日本侵略者在绥远扶植德王等部分蒙古王公成立了蒙古联盟自治政府。1938年，日本侵略者提出要把成吉思汗灵柩搬迁到日占区，遭到了蒙古王爷们的拒绝。之后，国民政府批准了王爷们提出的将成吉思汗灵柩由鄂尔多斯迁移到青海省西北部柯尔洛果贝子旗的建议，同时考虑到成吉思汗攻打西夏时曾经过甘肃，决定将成吉思汗灵柩暂移至甘肃省榆中县兴隆山。1939年6月10日天亮太阳未出之时，移灵柩开始，由国民政府委派的移灵柩人员及护灵柩军人和达尔扈特人（成吉思汗陵守灵人）、蒙古族群众，护送成吉思汗灵柩缓缓行进在浩瀚的大漠和茫茫草原上。目睹了这一场面的《旅行者》杂志记者描述道：“成吉思汗的灵柩是在蒙古族民众的泪海中，离开伊金霍洛圣地的。”

　　6月21日上午，移灵柩队伍到达延安，国民政府代表、地方高级官员及各界知名人士举行了盛大隆重的国祭。中共中央把迎灵看作是国共联合、扩大统一战线的大事，中共中央及中央统战部、八路军总部、陕甘宁边区和毛泽东同志分别向成吉思汗灵柩敬献了花圈，延安各界人士瞻仰了成吉思汗灵柩，又在延安建立了纪念堂，毛泽东亲笔题写了“成吉思汗纪念堂”。这些活动在蒙古民族中产生了重大影响。之后延安成立了蒙古文化促进会，建立了蒙古文化陈列馆，创办了蒙民招待所，中央党校开办了少数民族班、蒙古青年队。1941年延安民族学院成立后，蒙古族学员占大多数，大批蒙古族干部在革命圣地延安成长起来，延安成为蒙古民族解放事业的灯塔。

　　7月1日成吉思汗灵柩移达甘肃省榆中县。榆中县成立了成吉思汗灵柩办事处。成吉思汗灵柩被安放在东山大佛殿，留在那里守灵的达尔扈特人分住于5座庙里，主持日常祭奠事务。1949年成吉思汗灵柩又从兴隆山迁至青海塔尔寺。

　　1953年6月，内蒙古自治区政府应蒙古族人民要求，向中央政府政务院呈上恳请将成吉思汗灵柩迁回鄂尔多斯伊金霍洛的报告。周恩来总理批准了这份报告，还批示“先拨付80万元专款以新建成吉思汗陵园宫殿”。1954年4月7日，成吉思汗灵柩回到了伊金霍洛。4月23日，内蒙古自治区主席乌兰夫在成吉思汗灵柩回迁后首次隆重大祭开始时讲话：“同胞们！今年的大祭是在中国人民赶走日本帝国主义，新中国的红旗迎风飘扬的日子里举行的！这足以告慰大汗的在天之灵！”

　　近些年，国家和自治区又先后投入巨资，对成吉思汗陵进行修缮，有供奉祭祀成吉思汗灵位与遗物的“八白室”，蒙古民族每年都在此举行隆重的公祭，远近蒙古族及各民族人民都来参加。同时，这里还成为著名的旅游胜地，每年接待大批中外游客。